cronやdaemontoolsで標準パス以外に置いてあるperlを使うなど
perlbrewを使っている場合など、PATHに含まれていないコマンドをcrontabやrunで使うとき自分はこうしてる。
変数で定義
PERL5LIB=/path/to/my/lib myperl=/path/to/my/perl $myperl /path/to/app.pl
PATHの先頭にpath追加
PERL5LIB=/path/to/my/lib export PATH=/path/to/my/bin:$PATH perl /path/to/app.pl
後者が誤爆する可能性が無くは無いかなあと思いつつ特に問題無い。